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protein_mmff.py

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#B* This file contains source code for the PyMOL computer program
#C* copyright 1998-2000 by Warren Lyford Delano of DeLano Scientific. 
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#E* It is unlawful to modify or remove this copyright notice.
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#G* Please see the accompanying LICENSE file for further information. 
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('HIP'  , 'N'     ) : { 'type' : '26'   , 'charge' : -0.8530 } ,
('HIP'  , 'ND1'   ) : { 'type' : '25'   , 'charge' : -0.7000 } ,
('HIP'  , 'NE2'   ) : { 'type' : '31'   , 'charge' : -0.7000 } ,
('HIP'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.5700 } ,
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('PRO'  , '3HG'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('SER'  , '2HB'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('SER'  , '3HB'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('SER'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.9060 } ,
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('SER'  , 'H'     ) : { 'type' : '43'   , 'charge' :  0.3700 } ,
('SER'  , 'HA'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('SER'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('SER'  , 'OG'    ) : { 'type' : '16'   , 'charge' : -0.6800 } ,
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('THR'  , '1HG'   ) : { 'type' : '42'   , 'charge' :  0.4000 } ,
('THR'  , '1HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('THR'  , '2HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('THR'  , '3HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('THR'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.9060 } ,
('THR'  , 'CA'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.1941 } ,
('THR'  , 'CB'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.2800 } ,
('THR'  , 'CG2'   ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.0000 } ,
('THR'  , 'H'     ) : { 'type' : '43'   , 'charge' :  0.3700 } ,
('THR'  , 'HA'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('THR'  , 'HB'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('THR'  , 'N'     ) : { 'type' : '25'   , 'charge' : -0.7301 } ,
('THR'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('THR'  , 'OG1'   ) : { 'type' : '16'   , 'charge' : -0.6800 } ,
('THR'  , 'OXT'   ) : { 'type' : '18'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('TRP'  , '1HD'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.1500 } ,
('TRP'  , '1HE'   ) : { 'type' : '43'   , 'charge' :  0.2700 } ,
('TRP'  , '2HB'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('TRP'  , '2HH'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.1500 } ,
('TRP'  , '2HZ'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.1500 } ,
('TRP'  , '3HB'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('TRP'  , '3HE'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.1500 } ,
('TRP'  , '3HZ'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.1500 } ,
('TRP'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.9060 } ,
('TRP'  , 'CA'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.1941 } ,
('TRP'  , 'CB'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.1810 } ,
('TRP'  , 'CD1'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.3016 } ,
('TRP'  , 'CD2'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.0000 } ,
('TRP'  , 'CE2'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.1516 } ,
('TRP'  , 'CE3'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.1500 } ,
('TRP'  , 'CG'    ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.1810 } ,
('TRP'  , 'CH2'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.1500 } ,
('TRP'  , 'CZ2'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.1500 } ,
('TRP'  , 'CZ3'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' : -0.1500 } ,
('TRP'  , 'H'     ) : { 'type' : '43'   , 'charge' :  0.3700 } ,
('TRP'  , 'HA'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('TRP'  , 'N'     ) : { 'type' : '25'   , 'charge' : -0.7301 } ,
('TRP'  , 'NE1'   ) : { 'type' : '25'   , 'charge' :  0.0332 } ,
('TRP'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('TRP'  , 'OXT'   ) : { 'type' : '18'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('VAL'  , '1HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '1HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '2HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '2HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '3HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '3HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.9060 } ,
('VAL'  , 'CA'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.1941 } ,
('VAL'  , 'CB'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'CG1'   ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'CG2'   ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'H'     ) : { 'type' : '43'   , 'charge' :  0.3700 } ,
('VAL'  , 'HA'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'HB'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'N'     ) : { 'type' : '25'   , 'charge' : -0.7301 } ,
('VAL'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('VAL'  , 'OXT'   ) : { 'type' : '18'   , 'charge' : -0.9000 } ,
}

numeric_map = {
   1  : 'C1',
   2  : 'C2',
   3  : 'C3',
   4  : 'CA',
   5  : 'CB',
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   24 : 'N1',
   25 : 'N2',
   26 : 'N3',
   27 : 'NA',
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   53 : 'P0',
   54 : 'B2',
   55 : 'B3',
   56 : 'F0',
   57 : 'Cl',
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   59 : 'I0',
   60 : 'Si',
   61 : 'Du',
   62 : 'Z0',
   63 : 'Lp',
   64 : '00',
   }

alpha_map = {}

for a in numeric_map.keys():
   alpha_map[numeric_map[a]] = a

# convert numeric entries in type definitions above
# alpha-numeric

for a in normal.keys():
   na = normal[a]
   na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]

for a in n_terminal.keys():   
   na = n_terminal[a]
   na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]

for a in c_terminal.keys():
   na = c_terminal[a]
   na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]


def check_sum(dct):
   sm = {}
   for a in dct.keys():
      if not sm.has_key(a[0]):
         sm[a[0]] = dct[a]['charge']
      else:
         sm[a[0]] = sm[a[0]]+ dct[a]['charge']         

   for a in sm.keys():
      print a,'%7.4f'%sm[a]
      

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